Abv-pb February 2015

abv-pb@list.uva.nl

9 participants
31 discussions

agenda 18 feb.
by Struik, Jerry 18 Feb '15

18 Feb '15

Hoi allen, Hierbij de agenda voor straks. Groetjes Jerry Vergadering woensdag 18 februari 2015 (week 8) B1.49A Notulist: Elisa 13.00-13.10 Notulen en actielijst 13.10-13.20 Mededelingen en ingekomen stukken 13.20-13.50 Voorbespreking WG 15 13.50-14.00 Pauze 14.00-14.20 Kalibratie EP 14.20-14.30 WVTTK 14.30-14.40 Rondvraag 14.40-15.10 Collen (Collega Ondersteunend Leren) deel I en deel II Groet, Jerry -------------------- Jerry Struik Coördinator Academische Vaardigheden Universiteit van Amsterdam, Psychobiologie, B: Science Park 904, 1098 XH, Amsterdam, kamer C2.158 P: Postbus 94215, 1090 GE Amsterdam T: 020 525 7736 De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u vriendelijk verzocht de inhoud niet te gebruiken, de afzender direct te informeren dat het bericht niet naar de beoogde ontvanger is gestuurd, en de e-mail te wissen van de eigen computer.

1 0

EP kalibratie op server
by Laan, Janneke van der 18 Feb '15

18 Feb '15

Dag allen, Op de server staan een EP video + kalibratie Excel invulschema + het artikel dat hoort bij de EP, staat in de map Overig-notulen-notulenPB. Groetjes, Janneke -------------------------------------------------------- Janneke E. van der Laan Docent Academische Basisvaardigheden Psychobiologie E-mail: J.E.vanderlaan(a)uva.nl Tel: 020 525 7883 Kamer: C2.159a Aanwezig: wo-do-vrij Universiteit van Amsterdam College of Science Science Park 904 1098 XH Amsterdam

2 1

FW: [Abv-algemeen] staafdiagrammen
by Struik, Jerry 17 Feb '15

17 Feb '15

Laten we deze good-practice overnemen. In de vergadering morgen bespreken we het kort. Groetjes Jerry -----Original Message----- From: Matthijs Vlaar [mailto:m.r.vlaar@uva.nl] Sent: vrijdag 13 februari 2015 17:42 To: abv-algemeen Subject: [Abv-algemeen] staafdiagrammen Hoi allemaal, In de BMW/BIO vergadering hebben we het over het gebruik van staafdiagrammen in wetenschappelijke figuren gehad. Het schijnt namelijk zo te zijn dat veel wetenschappelijke tijdschriften besloten hebben om het gebruik hiervan aan banden te leggen, omdat staafdiagrammen misleidend zouden zijn (ze suggereren bijv dat de variabele op de y-as van 0 af aan loopt/is gemeten) http://www.bionieuws.nl/artikel.php?id=8489&print=1 http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n2/full/nmeth.2837.html Daarom willen we de studenten uitleggen wanneer je het beste wel/niet een staafdiagram kunt gebruiken. Hierover heb ik een slide gemaakt om in wg15 te laten zien. Zie bijlage, de slide staat ook in het mapje extra bij wg15. Hopelijk wordt het hiermee een beetje duidelijk voor de studenten. Suggesties voor verbeteringen zijn welkom! voor PB: met BMW/BIO hebben we dit zo onderling afgestemd. Mischien goed om dit in de PB vergadering ook te bespreken? groet, Matthijs

1 0

EP schema 18 studenten vrijdag?
by Remmers, Elisa 13 Feb '15

13 Feb '15

Waarde collega's Heeft iemand van jullie al een EP schema voor 18 studenten met de data van vrijdag gemaakt? Zo ja, mag ik dat lenen? Groet, Elisa ------------------------------------------------------------------------- Elisa Remmers, MSc Docent Academische Basisvaardigheden Universiteit van Amsterdam Faculteit Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica Postbus 94215 | 1090 GE Amsterdam Science Park 904, kamer C3.141, postvak C2.161 020-525 5184 (020-525 7624)

2 3

Z-factor analogie
by Romeijn, Nico 13 Feb '15

13 Feb '15

Beste allen, omdat de validatie van de Z-factor soms lastig te begrijpen is voor studenten, heb ik een analogie bedacht die ik wil gaan gebruiken in m'n werkgroepen (zie attachment). Misschien hebben jullie er ook wat aan. Groeten, Nico Dr. N. Romeijn Docent Academische Basisvaardigheden / Coördinator Slaap-Waakonderzoek - Psychobiologie College of Science Universiteit van Amsterdam Science Park 904 Werkplek: C2.159a Postvak: C2.161 T: 020 525 7624 Werkdagen: wo|do|vr

1 0

Dull ~ practicum (corticosteron, competitie-assays). z' = EB
by Harting, Lisette 12 Feb '15

12 Feb '15

Hoi allen, Hier even iets dat kan helpen bij het valideren van de corticosteron-meting (en een probleempje): studenten doen eigenlijk veel meer hetzelfde dan Dull dan ik eerst dacht, dus dat kunnen we gebruiken om te valideren. Dull doet het volgende: - Validatie van de betrouwbaarheid van de test o z'-waarde bepalen (is trouwens een eerdere bevinding en geen resultaat van het huidige onderzoek in dit artikel, maar is in 2010 al gepubliceerd, zie referentie 23, waarbij een z-waarde van 0,73 wordt genoemd = probleempje) o Kijken of er hits komen op bekende ER-liganden (ja dus) - Screenen (HCST) op 250.000 mogelijke antagonisten (in agonisten zijn ze niet echt geïnteresseerd, daar gaan ze verder ook niet op in in de discussie) o Translocatie-assay + excluderen van valspositieven door b.v. kernkrimp door cytotoxiciteit in het GFP-GRER-chimeer o Bepalen van transactivation potentials van hits (luciferase-assay om transcriptie = GR-geïnitieerde lichtgevende eiwitproductie te bepalen) bij ER in borstkankercellen o Estradiol competition assay voor mogelijke antagonisten voor estradiolgeïnduceerde ER-translocatie (met luciferase-assay) in borstkankercellen De studenten checken dus op twee manieren of het screen robuust is: met de z'-waarde en door te checken of corticosteron ook een translocatie van meer dan x% oplevert (gemiddelde translocatie bij b.v. 5uM cortisol - 3x s.d.). Daarna gaan de studenten 'screenen' met een competitie-assay. Niet met transactivatie, maar met translocatie weliswaar, maar toch. Hopelijk helpt dit en sla ik geen planken helemaal mis?!?! Hartelijke groet, Lisette

1 0

FW: Jorinde Hoek, groep P1, 10803033, academische basisvaardigheden, ziek zijn
by Psychobiologiejaar1-science 12 Feb '15

12 Feb '15

From: Jorinde hoek [mailto:j_jorinde@hotmail.com] Sent: woensdag 11 februari 2015 23:14 To: Psychobiologiejaar1-science Subject: Jorinde Hoek, groep P1, 10803033, academische basisvaardigheden, ziek zijn Beste, De afgelopen dagen heb ik met hoge koorts in bed gelegen, en het is me niet gelukt de opdrachten voor het vak academische basisvaardigheden te maken. Vandaag ben ik alleen een stuk opgeknapt, en als het vannacht niet erger wordt hoop ik morgen naar de studie te gaan om zo min mogelijk te missen. Alleen ik heb mij dus niet voorbereid, is het alsnog nuttig om te komen morgen als dit lukt, of kan ik beter gaan werken aan het inhalen en volgende keer weer komen? Vriendelijke groet, Jorinde Hoek

1 0

Correcte referentie practicumhandleiding Celbio
by Romeijn, Nico 11 Feb '15

11 Feb '15

Nou, ik kan me herinneren dat je hier vorig jaar een mailtje over hebt gestuurd. Ik kan alleen dat mailtje niet meer vinden. Het leek in ieder geval zeer sterk op deze referentie. Ik heb 'm bij deze doorgegeven aan de mededocenten. Groeten, Nico Dr. N. Romeijn Docent Academische Basisvaardigheden / Coördinator Slaap-Waakonderzoek - Psychobiologie College of Science Universiteit van Amsterdam Science Park 904 Werkplek: C2.159a Postvak: C2.161 T: 020 525 7624 Werkdagen: wo|do|vr ________________________________ Van: Boor, Ilja Verzonden: woensdag 11 februari 2015 16:49 Aan: Romeijn, Nico Onderwerp: RE: Correcte referentie practicumhandleiding Celbio Ha Nico, Wat dacht je van: Boor, P.K.I en Wagemans, C.M.R.J. (2015). Practicumhandleiding Celbiologie 2014-2015. Universiteit van Amsterdam, Psychobiologie, Nederland. Suggesties zijn welkom :) Hartelijke groet, Ilja From: Romeijn, Nico Sent: woensdag 11 februari 2015 16:35 To: Boor, Ilja Subject: Correcte referentie practicumhandleiding Celbio Hoi Ilja, ik vroeg me af of je me de officiële referentie naar de Celbio-practicumhandleiding kunt sturen waar studenten van gebruik dienen te maken in hun ABV-verslag? Alvast bedankt! Groeten, Nico Dr. N. Romeijn Docent Academische Basisvaardigheden / Coördinator Slaap-Waakonderzoek - Psychobiologie College of Science Universiteit van Amsterdam Science Park 904 Werkplek: C2.159a Postvak: C2.161 T: 020 525 7624 Werkdagen: wo|do|vr

1 0

Notulen vergadering 11-02-2015
by Romeijn, Nico 11 Feb '15

11 Feb '15

Beste allen, hierbij de notulen van onze vergadering van vanmiddag. Groeten, Nico Dr. N. Romeijn Docent Academische Basisvaardigheden / Coördinator Slaap-Waakonderzoek - Psychobiologie College of Science Universiteit van Amsterdam Science Park 904 Werkplek: C2.159a Postvak: C2.161 T: 020 525 7624 Werkdagen: wo|do|vr

1 1

antwoorden WO in draaiboek
by Remmers, Elisa 11 Feb '15

11 Feb '15

Ik heb de antwoorden op de vragen van de thuisopdracht over Dull opgenomen in het draaiboek van wg 14 Groet, Elisa ------------------------------------------------------------------------- Elisa Remmers, MSc Docent Academische Basisvaardigheden Universiteit van Amsterdam Faculteit Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica Postbus 94215 | 1090 GE Amsterdam Science Park 904, kamer C3.141, postvak C2.161 020-525 5184 (020-525 7624)

1 0

2024

2023

2022

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

Abv-pb February 2015