Beste allen,
Nieuws vanuit de practicumkamer: De studenten zullen vandaag per mail te horen krijgen dat ze met een fictieve dataset aan de slag gaan, omdat de Z-factor van hun eigen dataset te laag was. Daarnaast wordt de analyse herzien: Boris heeft het R-script herschreven. De analyse wordt een ANOVA, waarbij eerst getoetst wordt of het percentage translocatie (# getelde cellen met GFP in kern / # aantal getelde cellen) verschilt tussen negatieve controle, positieve controle, experimentele conditie 1, 2, 3, en 4. Indien er een significant verschil wordt gevonden, wordt vervolgens in post-hoc tests getoetst welke condities significant verschillen van elkaar.
Alle studenten gaan zelf het R-script runnen op de fictieve dataset. Deze output zal een figuur zijn met op de Y-as % translocatie, op de de x-as de 6 condities. Tevens krijgen de studenten een output sheet uit R, waarin alle post-hoc tests beschreven zijn. De taak van de studenten is het interpreteren van de data, en het interpreteren van de post-hoc tests. Studenten zullen op weg worden geholpen met interpreteren van de post-hocs d.m.v. vragen in een hulpdocument, dat op blackboard geupload zal worden.
Om de discussie van het OV verder te helpen, gaan in dagdeel 12 van het practicum (morgen en vrijdag) studenten voor hun eigen experimentele conditie een plotje maken, waarin % GFP-cellen in drie "gebieden" naast elkaar geplot worden: kern, cytoplasma en partieel. Deze plot wordt verder niet getoetst, maar zou studenten met condities voor partiele translocatie een kans kunnen geven op een verklaring waarom de translocatie naar de kern laag is (de 2 verklaringen zijn omdat het uberhaupt niet kan, hetgeen zou resulteren in een lage partiele staafdiagram, en een hoge cytoplasmadiagram, of omdat translocatie wel kan maar minder efficient verloopt, waardoor de partiele staaf hoog en de cytoplasmastaaf laag is). Boris heeft op dit moment het script af. We tweaken nog de laatste paar punten in de data, en dan zullen de studenten gemaild worden. Groeten,
Nico
Dr. N. Romeijn Docent Academische Basisvaardigheden - Psychobiologie College of Science Universiteit van Amsterdam
Science Park 904 Werkplek: C2.159a Postvak: C2.161 T: 020 525 7624 Werkdagen: wo|do|vr