Hoi Jongens,
Opeens bedenk ik me.
Dull et al kunnen van hun assay een high throughput screening maken omdat elke ER ligand (antagonist, dan wel aganonist) zorgt dat de chimeer transloceert van het cytoplasma naar de kern. Zij kunnen dus van alle stoffen die zij toevoegen bepalen met hun assay of uberhaupt een ER ligand is, met met die luciferase volgt dan of het een anta of agonist is toch?
Maar met dit practicum kan dat niet, aangezien je van een nieuwe stof die niet zorgt voor translocatie niet kan weten of hij überhaupt wel bindt aan GR. Dit weten we wel van de 4 stoffen die we toevoegen, want die kennen we. Maar precies deze proef gebruiken om nieuwe stoffen te testen is eigenlijk zinloos, omdat je niet kan bepalen of wel een GR ligand is, aangezien wel of niet translocatie van alles kan betekenen (agonist, antagonist (op wat voor plek in het systeem dan ook, of gewoon niet binnen aan GR). Dus volgens mij klopt onze maatschappelijke relevantie niet meer...
Of zie ik nu iets niet meer helder?
Groetjes!
-------------------- Elisa Remmers, MSc
Docent Psychobiologie Universiteit van Amsterdam B: Science Park 904, 1098 XH, Amsterdam, kamer F2.24 P: Postbus 94215, 1090 GE Amsterdam T: 020 525 5924 Aanwezig: Ma | Di | Do| Vrij
Hoi Elisa,
Volgens mij klopt je hele interpretatie, behalve het laatste deel. In ons geval incuberen we bij stoffen waarvan vermoed wordt dat het een antagonist is, de cellen met stof + cortisol. Bij vermoedelijke agonisten incuberen we met alleen de stof.
Bij het testen van een nieuwe, onbekende stof zou je, naast de overduidelijke controlecondities, dus beide condities testen (net zoals Dull doet in het luciferase-experiment wanneer Estradiol competitie wordt onderzocht): conditie "stof", conditie "stof + cort". De combinatie van deze laatste 2 metingen kan het onderscheid maken tussen verschillende condities:
stof-conditie = translocatie; stof is agonist stof-conditie = geen translocatie; stof is niet-ligand of antagonist
stof+cort-conditie= trans; stof is niet-ligand of agonist stof+cort-conditie = geen trans; stof is antagonist in het proces van translocatie
Met het huidige experiment (technisch: de combinatie van de verschillende condities die in dit experiment op verschillende stoffen wordt toegepast) is dus wél vast te stellen of een nieuwe stof GR-ligand is of niet, en zo ja, of het agonist/antagonist is in het proces van translocatie. Ik weet niet meer exact wat de maatschappelijke relevantie was, maar wetenschap over dit deel van de GR-cascade kan an sich al nieuwe stoffen detecteren die betrokken zijn bij translocatie. Deze stoffen zullen, omdat zij zo'n kritiek deel van de cascade beïnvloeden, zeer waarschijnlijk ook van invloed zijn op het eindresultaat van de GR-cascade. Voor uitspraken over stoffen die niets lijken te doen op GR-translocatie is dit experiment inderdaad te bondig, omdat het zich alleen maar richt op translocatie.
Het is echter voor mij al een tijdje geleden dat ik met deze stof bezig was, dus als iemand me wil verbeteren, go for it! Groeten,
Nico
Dr. N. Romeijn Docent Psychobiologie / Vakcoördinator Slaap-Waakonderzoek College of Science Universiteit van Amsterdam
Science Park 904 Werkplek: C2.159a Postvak: C2.161 T: 020 525 8860 Werkdagen: ma-do ________________________________ Van: Remmers, Elisa [E.Remmers@uva.nl] Verzonden: dinsdag 21 februari 2017 17:09 Aan: Abv-pb@list.uva.nl Onderwerp: [Abv-pb] denkfoutje relatie met Dull?
Hoi Jongens,
Opeens bedenk ik me.
Dull et al kunnen van hun assay een high throughput screening maken omdat elke ER ligand (antagonist, dan wel aganonist) zorgt dat de chimeer transloceert van het cytoplasma naar de kern. Zij kunnen dus van alle stoffen die zij toevoegen bepalen met hun assay of uberhaupt een ER ligand is, met met die luciferase volgt dan of het een anta of agonist is toch?
Maar met dit practicum kan dat niet, aangezien je van een nieuwe stof die niet zorgt voor translocatie niet kan weten of hij überhaupt wel bindt aan GR. Dit weten we wel van de 4 stoffen die we toevoegen, want die kennen we. Maar precies deze proef gebruiken om nieuwe stoffen te testen is eigenlijk zinloos, omdat je niet kan bepalen of wel een GR ligand is, aangezien wel of niet translocatie van alles kan betekenen (agonist, antagonist (op wat voor plek in het systeem dan ook, of gewoon niet binnen aan GR). Dus volgens mij klopt onze maatschappelijke relevantie niet meer…
Of zie ik nu iets niet meer helder?
Groetjes!
-------------------- Elisa Remmers, MSc
Docent Psychobiologie Universiteit van Amsterdam B: Science Park 904, 1098 XH, Amsterdam, kamer F2.24 P: Postbus 94215, 1090 GE Amsterdam T: 020 525 5924 Aanwezig: Ma | Di | Do| Vrij
Hi Elisa et al.,
Ik ben het eens met Nico, en heb nog een toevoeging:
Als het experiment niet robuust is, moet je elke conditie vergelijken met de positieve en negatieve controle (zoals ze doen bij het practicum). Als het experiment wel robuust is, dan hoef je dat niet meer te doen. Je weet dan of een bepaalde waarde (bijv. aantal cellen met volledige translocatie) hoort onder de curve van 'wel translocatie' of 'niet translocatie'. Dat scheelt je dus heel veel t-toetsen en controle condities. En daarom kun je dan zo'n high-throughput screening doen om inderdaad de condities te testen die Nico noemt. Dan kun je vervolgens het ligand wat je interessant vindt (bijv. een antagonist) verder onderzoeken. Maar dan weet je in ieder geval zeker dat je niet onderzoek aan het doen bent met een vals-positieve bevinding.
Tenminste, zo heb ik de relevantie aan mijn studenten uitgelegd.
Maar bedankt voor het delen, dat houdt ons weer scherp :)
Groetjes, Jeanette
From: Romeijn, Nico [mailto:N.Romeijn@uva.nl] Sent: Tuesday, 21 February, 2017 17:43 To: Remmers, Elisa E.Remmers@uva.nl; Abv-pb@list.uva.nl Subject: Re: [Abv-pb] denkfoutje relatie met Dull?
Hoi Elisa,
Volgens mij klopt je hele interpretatie, behalve het laatste deel. In ons geval incuberen we bij stoffen waarvan vermoed wordt dat het een antagonist is, de cellen met stof + cortisol. Bij vermoedelijke agonisten incuberen we met alleen de stof.
Bij het testen van een nieuwe, onbekende stof zou je, naast de overduidelijke controlecondities, dus beide condities testen (net zoals Dull doet in het luciferase-experiment wanneer Estradiol competitie wordt onderzocht): conditie "stof", conditie "stof + cort". De combinatie van deze laatste 2 metingen kan het onderscheid maken tussen verschillende condities:
stof-conditie = translocatie; stof is agonist stof-conditie = geen translocatie; stof is niet-ligand of antagonist
stof+cort-conditie= trans; stof is niet-ligand of agonist stof+cort-conditie = geen trans; stof is antagonist in het proces van translocatie
Met het huidige experiment (technisch: de combinatie van de verschillende condities die in dit experiment op verschillende stoffen wordt toegepast) is dus wél vast te stellen of een nieuwe stof GR-ligand is of niet, en zo ja, of het agonist/antagonist is in het proces van translocatie. Ik weet niet meer exact wat de maatschappelijke relevantie was, maar wetenschap over dit deel van de GR-cascade kan an sich al nieuwe stoffen detecteren die betrokken zijn bij translocatie. Deze stoffen zullen, omdat zij zo'n kritiek deel van de cascade beïnvloeden, zeer waarschijnlijk ook van invloed zijn op het eindresultaat van de GR-cascade. Voor uitspraken over stoffen die niets lijken te doen op GR-translocatie is dit experiment inderdaad te bondig, omdat het zich alleen maar richt op translocatie.
Het is echter voor mij al een tijdje geleden dat ik met deze stof bezig was, dus als iemand me wil verbeteren, go for it! Groeten,
Nico
Dr. N. Romeijn Docent Psychobiologie / Vakcoördinator Slaap-Waakonderzoek College of Science Universiteit van Amsterdam
Science Park 904 Werkplek: C2.159a Postvak: C2.161 T: 020 525 8860 Werkdagen: ma-do ________________________________ Van: Remmers, Elisa [E.Remmers@uva.nl] Verzonden: dinsdag 21 februari 2017 17:09 Aan: Abv-pb@list.uva.nlmailto:Abv-pb@list.uva.nl Onderwerp: [Abv-pb] denkfoutje relatie met Dull? Hoi Jongens,
Opeens bedenk ik me.
Dull et al kunnen van hun assay een high throughput screening maken omdat elke ER ligand (antagonist, dan wel aganonist) zorgt dat de chimeer transloceert van het cytoplasma naar de kern. Zij kunnen dus van alle stoffen die zij toevoegen bepalen met hun assay of uberhaupt een ER ligand is, met met die luciferase volgt dan of het een anta of agonist is toch?
Maar met dit practicum kan dat niet, aangezien je van een nieuwe stof die niet zorgt voor translocatie niet kan weten of hij überhaupt wel bindt aan GR. Dit weten we wel van de 4 stoffen die we toevoegen, want die kennen we. Maar precies deze proef gebruiken om nieuwe stoffen te testen is eigenlijk zinloos, omdat je niet kan bepalen of wel een GR ligand is, aangezien wel of niet translocatie van alles kan betekenen (agonist, antagonist (op wat voor plek in het systeem dan ook, of gewoon niet binnen aan GR). Dus volgens mij klopt onze maatschappelijke relevantie niet meer...
Of zie ik nu iets niet meer helder?
Groetjes!
-------------------- Elisa Remmers, MSc
Docent Psychobiologie Universiteit van Amsterdam B: Science Park 904, 1098 XH, Amsterdam, kamer F2.24 P: Postbus 94215, 1090 GE Amsterdam T: 020 525 5924 Aanwezig: Ma | Di | Do| Vrij
Hoi Nico,
Dank voor je uitleg, ik snap m! @Jeanette, ja zo had ik m ook in m'n hoofd!
Gelukkig dan klopt het weer:)
Fijne avond!
----------------------------- Elisa Remmers, MSc Docent Psychobiologie Universiteit van Amsterdam B: Science Park 904, 1098 XH, Amsterdam, kamer F2.24 P: Postbus 94215, 1090 GE Amsterdam T: 020 525 5924 Aanwezig: Ma | Di | Do| Vrij
________________________________ Van: Mostert, Jeanette Verzonden: dinsdag 21 februari 2017 18:06 Aan: Romeijn, Nico; Remmers, Elisa; Abv-pb@list.uva.nl Onderwerp: RE: denkfoutje relatie met Dull?
Hi Elisa et al.,
Ik ben het eens met Nico, en heb nog een toevoeging:
Als het experiment niet robuust is, moet je elke conditie vergelijken met de positieve en negatieve controle (zoals ze doen bij het practicum). Als het experiment wel robuust is, dan hoef je dat niet meer te doen. Je weet dan of een bepaalde waarde (bijv. aantal cellen met volledige translocatie) hoort onder de curve van ‘wel translocatie’ of ‘niet translocatie’. Dat scheelt je dus heel veel t-toetsen en controle condities. En daarom kun je dan zo’n high-throughput screening doen om inderdaad de condities te testen die Nico noemt. Dan kun je vervolgens het ligand wat je interessant vindt (bijv. een antagonist) verder onderzoeken. Maar dan weet je in ieder geval zeker dat je niet onderzoek aan het doen bent met een vals-positieve bevinding.
Tenminste, zo heb ik de relevantie aan mijn studenten uitgelegd.
Maar bedankt voor het delen, dat houdt ons weer scherp :)
Groetjes, Jeanette
From: Romeijn, Nico [mailto:N.Romeijn@uva.nl] Sent: Tuesday, 21 February, 2017 17:43 To: Remmers, Elisa E.Remmers@uva.nl; Abv-pb@list.uva.nl Subject: Re: [Abv-pb] denkfoutje relatie met Dull?
Hoi Elisa,
Volgens mij klopt je hele interpretatie, behalve het laatste deel. In ons geval incuberen we bij stoffen waarvan vermoed wordt dat het een antagonist is, de cellen met stof + cortisol. Bij vermoedelijke agonisten incuberen we met alleen de stof.
Bij het testen van een nieuwe, onbekende stof zou je, naast de overduidelijke controlecondities, dus beide condities testen (net zoals Dull doet in het luciferase-experiment wanneer Estradiol competitie wordt onderzocht): conditie "stof", conditie "stof + cort". De combinatie van deze laatste 2 metingen kan het onderscheid maken tussen verschillende condities:
stof-conditie = translocatie; stof is agonist stof-conditie = geen translocatie; stof is niet-ligand of antagonist
stof+cort-conditie= trans; stof is niet-ligand of agonist stof+cort-conditie = geen trans; stof is antagonist in het proces van translocatie
Met het huidige experiment (technisch: de combinatie van de verschillende condities die in dit experiment op verschillende stoffen wordt toegepast) is dus wél vast te stellen of een nieuwe stof GR-ligand is of niet, en zo ja, of het agonist/antagonist is in het proces van translocatie. Ik weet niet meer exact wat de maatschappelijke relevantie was, maar wetenschap over dit deel van de GR-cascade kan an sich al nieuwe stoffen detecteren die betrokken zijn bij translocatie. Deze stoffen zullen, omdat zij zo'n kritiek deel van de cascade beïnvloeden, zeer waarschijnlijk ook van invloed zijn op het eindresultaat van de GR-cascade. Voor uitspraken over stoffen die niets lijken te doen op GR-translocatie is dit experiment inderdaad te bondig, omdat het zich alleen maar richt op translocatie.
Het is echter voor mij al een tijdje geleden dat ik met deze stof bezig was, dus als iemand me wil verbeteren, go for it! Groeten,
Nico
Dr. N. Romeijn Docent Psychobiologie / Vakcoördinator Slaap-Waakonderzoek College of Science Universiteit van Amsterdam
Science Park 904 Werkplek: C2.159a Postvak: C2.161 T: 020 525 8860 Werkdagen: ma-do ________________________________ Van: Remmers, Elisa [E.Remmers@uva.nl] Verzonden: dinsdag 21 februari 2017 17:09 Aan: Abv-pb@list.uva.nlmailto:Abv-pb@list.uva.nl Onderwerp: [Abv-pb] denkfoutje relatie met Dull? Hoi Jongens,
Opeens bedenk ik me.
Dull et al kunnen van hun assay een high throughput screening maken omdat elke ER ligand (antagonist, dan wel aganonist) zorgt dat de chimeer transloceert van het cytoplasma naar de kern. Zij kunnen dus van alle stoffen die zij toevoegen bepalen met hun assay of uberhaupt een ER ligand is, met met die luciferase volgt dan of het een anta of agonist is toch?
Maar met dit practicum kan dat niet, aangezien je van een nieuwe stof die niet zorgt voor translocatie niet kan weten of hij überhaupt wel bindt aan GR. Dit weten we wel van de 4 stoffen die we toevoegen, want die kennen we. Maar precies deze proef gebruiken om nieuwe stoffen te testen is eigenlijk zinloos, omdat je niet kan bepalen of wel een GR ligand is, aangezien wel of niet translocatie van alles kan betekenen (agonist, antagonist (op wat voor plek in het systeem dan ook, of gewoon niet binnen aan GR). Dus volgens mij klopt onze maatschappelijke relevantie niet meer…
Of zie ik nu iets niet meer helder?
Groetjes!
-------------------- Elisa Remmers, MSc
Docent Psychobiologie Universiteit van Amsterdam B: Science Park 904, 1098 XH, Amsterdam, kamer F2.24 P: Postbus 94215, 1090 GE Amsterdam T: 020 525 5924 Aanwezig: Ma | Di | Do| Vrij
-
Mostert, Jeanette -
Remmers, Elisa -
Romeijn, Nico